液相色谱仪的样品是以液体的形式由样品瓶进样到样品孔从而实现样品的检验工作。
样品进入系统之前，系统先由设置好的流动相进行润洗，不仅是为了去除色谱柱上可能残留的杂质，更是为了让色谱柱上的固定相处于绝对的活性状态，这样可以为分离不同分子进行预备工作。流动相的冲洗使色谱仪内部处于光滑可流动的状态，这为样品的进入打下了良好的基础。流动相能够顺利通过是因为色谱仪中泵的高压作用，单泵双泵可以根据需要选择。
样品的含量尽可能小，这由进样时进样注射器的容积决定。液相色谱仪，尤其高效液相色谱仪对于痕量的样品有些非常高度的灵敏性，如果进样过多会使色谱图出现叠加的情况，以及在色谱柱中出现由于固定相的键合洗满使分子没有吸附就发生解离。以至于最后的结果发生很大的偏差。
色谱仪的工作原理最重要的是色谱柱的作用原理。色谱柱由空柱和填充物构成，它上面的固定相决定着分子分离出的先后顺序和分离速度。它的原理就是通过对流动相发生缔结作用，使一些分子在一段时间内固定在上面而不是随着流动相继续，但在更换了流动相或者流动相的流速、流量发生改变使，它们又由于自身的差异，依次从柱子上解析出来。
解析出的分子束通过了液相检测器的信号检测，将它们转换成了能够被人们识别的信号然后通过数据处理系统进行处理和记录。
液相检测器的种类不同其工作原理也不相同，这里就不再赘述。不过，高效液相色谱仪的工作原理大体上就是由它的结构特别决定的，有了工作原理，我们就会知道该如何操控它以及操作过程的一些注意事项。
